SMP Islam Al-Azhar 13 memadukan 3 kurikulum yaitu Kurikulum Nasional (Kurikulum 2013), Kurikulum Al-Azhar (Kurikulum Pengembangan Pribadi Muslim / KPPM) dan Kurikulum Asing (Cambridge International Curriculum for Lower Secondary Program). Berikut adalah mata pelajaran yang diajarkan dari ketiga kurikulum tersebut:
Kurikulum Al Azhar (Kurikulum Pengembangan Pribadi Muslim)
- Pendidikan Agama Islam
- Pendidikan Al Qur’an dan tahfidz Juz 29-30
- Bahasa Arab Metode Al Fitrah
Kurikulum Nasional
- Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan
- Bahasa Indonesia
- Ilmu Pengetahuan Sosial*
- Seni Budaya
- Pendidikan Jasmani, Olahraga, dan Kesehatan
- Informatika
Cambridge International Curriculum for Lower Secondary
- Mathematics
- Science
- English as a Second Language
- Information and Communication Technology
- Global Perspective*